A Catedral de Lima foi construída no local do santuário inca do puma inti e do palácio do príncipe de Cusco, Sinchi Puma, um descendente direto do inca Sinchi Roca.
Ao fundar Lima, Francisco Pizarro designou um terreno para a igreja, fazendo com que Sinchi Puma renunciasse a seus bens em um documento certificado por um notário, para que a ocupação do local escolhido para a igreja não significasse usurpação de domínio.
Em 1535, Pizarro colocou a primeira pedra e carregou, em uma manifestação pública de fé e humildade, a primeira viga para a construção da igreja (primeira catedral), que foi construída sob a dedicação de Nossa Senhora da Assunção, concluindo a construção em 1538 e inaugurada em 11 de março de 1540, colocando o Santíssimo Sacramento pela primeira vez naquele dia.